上海瑞金医院和上海仁济医院都设有消化内科，都是比较好的选择。临床上，瑞金医院消化内科至今已有70年历史，设有消化门诊、消化病房、消化内镜中心、胃肠动力研究室、消化实验室等科室。总面积5003平方米，开放床位72张，年门诊诊治病人约16.6万人次，出入院病人5154人次，内镜诊治7万余人次。

此外，上海交通大学医学院仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所（1984年由蒋绍基院士和肖树东教授共同创建）为主体组成的临床和基础部分学科，具有正高级职称人员15人，副高级近20人；博士生导师12人，硕士生导师17人。现有医生56人。2013年消化内科门诊量35万人次，内镜检查量7万余人次。 上海仁济，隶属于交通大学医学院医院擅长消化内科、风湿免疫科、泌尿外科、不孕不育科等、 其中风湿免疫科实力最强，该科是我国最早成立的风湿病学科之一，在国内外具有重要影响，该学科极大地提高了风湿病患者的生存率，生活质量得到极大改善，连续五年为全国最大的风湿病科室。连续五年成为全国门诊量最大的风湿病专科。科室综合实力强，辐射面广，医疗技术水平高，其中系统性红斑狼疮的诊治水平居国际领先地位。