海军专科医疗中心不是私立医院，而是公立三级医院。从临床上看，中国人民解放军海军专科医疗中心是海军军医大学（原第二军医大学）直属单位，是目前海军最高水平的医疗机构，承担着海军特种医学科研教学、航海航空疾病防治等任务。

此外，中国人民解放军海军专科医疗中心开设45个专科、30个科室，床位900张，年收治病人2.1万人次，门急诊量46万人次，年手术量9000余例。此外，中心还配备了 PET-CT、MRI、DSA、全身伽玛刀、射波刀等一大批现代化诊疗设备。