海军特种医学中心是三级甲等医院，是海军军医大学（原第二军医大学）直属管理单位。从临床上看，中国人民解放军海军特种医学中心不仅是海军的特种医疗救治基地，也是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的全军三级甲等综合性医院，其中心的潜水医学处于亚洲领先、世界先进水平，航空航天医学在国内有突出影响，其他医学学科也各有特色和成就。

海军专科医疗中心不是二等医院，而是三等医院。从临床上讲，中国人民解放军海军专科医疗中心的前身是美国救济署创办的上海济民医院，经过多年的发展，目前心脏内科、消化内科、生殖中心是原南京军区医疗专科中心，肝胆外科是上海市医学领先专科 "胆道重点专科"。此外，海军特色医疗中心在修复重建外科、瘢痕畸形矫正、体表良恶性肿瘤治疗、先天性手畸形、小耳畸形及唇腭裂修复、血管瘤及血管畸形激光治疗及综合治疗、难治性创伤修复等方面，处于全国领先地位。