海军特种医学中心的医疗水平非常发达，由政府举办并纳入财政预算管理，属于事业单位，不是国有企业，从临床来看，中国人民解放军海军特种医学中心是海军最高水平的医疗机构，主航、 航空和潜水等海军特殊职业病的研究、预防、诊断和治疗任务，其中潜水医学中心在亚洲领先、世界先进水平，航空航天医学在国内有突出影响，其他医学学科也各有特色和成就。

此外，海军特色医学中心为南京军区总医院博士后流动站，上海交通大学、上海中医药大学硕士研究生带教点，海军军医大学任职教育实践教学基地，南京医科大学、吉林医学院等多所医学院校的临床教学医院等。此外。海军专科医学中心的心内科、消化内科、生殖中心是原南京军区医学专科中心，而肝胆外科则是上海市医学界首屈一指的 “胆道重点专科”。海军特种医学中心是医院，不是公务员。从临床上讲，中国人民解放军海军特种医学中心成立于1954年12月，主要担负海军特种职业病研究、预防、诊疗、应急支援保障，南山站医院飞行员生理心理保障中心驻点保障，海军招收飞行学员医学选拔鉴定，舰载战斗机飞行员健康鉴定等任务。此外，该中心还立足上海地方，在为部队官兵提供医疗保障的基础上，同样承担着为人民群众提供优质服务的社会职能。