虽然国家卫生健康委员会科研所和北医三院都位于北京，但两家医院并无关系。从临床来看，国家卫生健康委员会科研所的前身是国家卫生和计划生育委员会医院管理研究所，是国家卫生健康委员会直属事业单位，而北医三院成立于 1958 年，是一所大型综合性医院，涵盖几十个科室，可以治疗多种疾病。

国家卫生计生委科研所和北医三院的性质不一样，不存在哪个级别高，都是三级医院。从临床上看，国家卫生健康委员会科学研究所的主要职责是承担国家卫生健康委员会委托的国家科技计划项目管理等相关职能，开展卫生健康领域的科技交流、研讨、培训、科普等工作，而北医三院的主要职责是医疗、教学、科研、预防保健、康复、保健等。健康管理。